Фонды Отдела редких книг и рукописей включают в себя около 500 тысяч единиц хранения и имеют исторически сложившуюся структуру, в которой преобладает принцип коллекционного хранения и изучения памятников. Коллекции позволяют рассматривать книжные, рукописные и архивные богатства Отдела с максимальной полнотой, помещая их в определенный историко-культурный или хронологический контекст.
Бóльшую часть книжного фонда составляют тематические и хронологические коллекции. Таковы коллекция русских книг гражданской печати XVIII века, коллекция инкунабул или коллекция славяно-русских рукописей XIII-XX вв. Часть коллекций – это книжные комплексы, поступившие в дар библиотеке Московского университета, например: Итальянская коллекция или Югославская коллекция, подаренная Иосипом Броз Тито. Значительную ценность представляют владельческие коллекции, которые отражают пристрастия выдающихся собирателей. Это знаменитое собрание гравированных и литографированных портретов Ф.Ф. Вигеля, небольшая, но необычайно ценная книжная коллекция К.В. Базилевича, собрание эстампов В.В. Величко и др.
Личные библиотеки
Важным направлением работы ОРКиР является хранение личных библиотек, число которых сегодня достигло 49. Это – книжные собрания профессоров Московского университета и других известных деятелей науки и культуры XVIII-XXI вв. (среди владельцев имена И.И. Шувалова, Дмитриевых, Муравьевых, Тургеневых, генерала А.П. Ермолова; университетских профессоров XIX-XX вв. - Ф.И. Буслаева, Т.Н. Грановского, С.М. Соловьева, М.М. Ковалевского, Н.К. Гудзия, О.М.Бодянского и др.; известных библиофилов В.М. Остроглазова, В.В. Величко и др.). Большая часть этих книжных собраний была в свое время передана в дар Библиотеке Университета, часть из них поступила по завещанию, некоторые из этих библиотек были приобретены университетом.
В отделе ведется работа по выявлению разрозненных в прошлом книжных собраний. Таковы библиотека знаменитого мореплавателя В.М. Головнина, выдающегося слависта М.Н. Сперанского и др.
Архивные фонды
Нередко вместе с переданными в дар Московскому университету личными библиотеками в фонды Отдела редких книг и рукописей поступали и архивные материалы, из которых сложился архивный фонд. В дальнейшем этот фонд пополнялся архивами, представляющими научную и культурно-историческую ценность. Архивный фонд Отдела редких книг и рукописей сегодня – это более 60 архивов профессоров и преподавателей университета, известных деятелей науки и культуры ХVIII-ХХ вв., а также архивные материалы самой библиотеки Московского университета, из которых обработаны и описаны - 40 архивный фонд.
К числу ранних архивов относится личный фонд известных государственных деятелей второй половины ХVIII в. - П.Н. и М.Н. Кречетниковых, в котором сохранились письма крупных государственных деятелей ХVIII в. – Н.Репнина, З.Чернышова, А.Бибикова, А.Вяземского и др. В личном архиве известного филолога профессора Московского университета Ф.Е.Корша сохранилось 17 писем А. Фета за период с 1887 по 1890 гг. В архиве В.Бугаева – профессора математики Московского университета – хранится детский автограф его сына Андрея Белого.
Начато сканирование полных текстов архива философа И.А. Ильина; в настоящее время для просмотра доступны 50000 воспроизведений страниц и фотографий. Число фондов увеличивается за счет пожертвований. Работа по описанию хранящихся в отделе архивов продолжается.