Каталог архивных фондов на сегодняшний день отражает обработанные архивы (всего 40), хранящиеся в Отделе редких книг и рукописей. Аннотация к фондам включает в себя краткие сведения о фондообразователе и содержании фонда, № архивного фонда, количество единиц хранения, крайние даты документов.
Архивные фонды неоднородны. Часть архивов поступила вместе с личными библиотеками профессоров и преподавателей Московского университета. Например, архивные фонды известных ученых А.С.Ахманова, Ф.И.Буслаева, Н.К.Гудзия, Г.А.Иванова, М.М.Покровского, В.М.Остроглазова, А.Н.Харузина. Некоторые архивы были переданы Московскому университету владельцами или их наследниками.
Большой интерес для исследователей представляют архивы филолога В.Ф.Ржиги, математика Н.В.Бугаева, биолога Д.П.Сырейщикова, библиотекаря Общества истории древностей Российских Е.И.Соколова. Небольшие по объему и количеству единиц хранения архивы содержат ценные материалы. В архиве Д.И.Колбасина хранятся письма П.В.Боткина, П.В.Анненкова; в архиве Ф.Е.Корша – письма А.А.Фета; в архиве В.И.Никольского – воспоминания обороны Порт-Артура.
Работа по обработке архивных фондов продолжается. Начато сканирование полных текстов архива философа И.А.Ильина; в настоящее время для просмотра доступно полное содержание 25000 листов документов и фотографий.